0.4.3 Comparació de les distribucions de grandària de les RCR

La figura 16 mostra la comparació entre les mesures experimentals de les grandàries de les RCR, la predicció del model mesoscòpic de la secció 0.3.3 i la predicció del model de joguina. A la vista dels resultats, es pot comprovar com experimentalment es detecta menys quantitat de RCRs de grandària inferior als 10 pb que la quantitat predita pels models. Això indica que el muntatge experimental de les minipinces té una resolució de 10 pb. Per altra banda, ambdós models descriuen bé la distribució de grandàries en el cas de RCR grans.

Figura 16: (a) Distribució de les grandàries de les RCR per a la seqüència de 2.2 kpb. La corba vermella mostra les mesures experimentals. La corba verda mostra la predicció del model de joguina (la zona ombrejada mostra la desviació estàndard per diferents realitzacions). La corba blava mostra la distribució predita pel model mesoscòpic. (b) Mateixa figura per a la seqüència de 6.8 kpb.
\includegraphics[width=\textwidth]{resumfigs/chapter1/SMtechniques.eps}

Una de les qüestions interessants que sorgeixen és saber quines condicions experimentals es poden canviar per tal de modificar la distribució de grandàries. El model de joguina prediu que quan s'augmenta la rigidesa de la trampa òptica disminueix la grandària mitjana de les RCR. A nivell quantitatiu, això indica que per tal d'observar RCR d'un sol pb seria necessari tenir una rigidesa de la trampa òptica de 100 pN/nm. Les minipinces tenen una rigidesa de 0.08 pN/nm. Per tant estem molt allunyats d'aquest règim i actualment no seria factible obtenir tal rigidesa amb pinces òptiques. Una rigidesa de 100 pN/nm és típica del microscopi de força atòmica. Curiosament, la mínima rigidesa de la trampa necessària per obrir els pb de l'ADN d'un en un es correspon amb el valor de la rigidesa que té una sola base d'ADN de cadena individual. Això suggereix que l'ADN té les propietats elàstiques adequades per tal que la maquinària cel·lular pugui produir la ruptura d'un únic pb de l'ADN si és necessari. Així s'evita obrir grans quantitats de bases que poden estar exposades a danys que alterin la informació genètica que conté l'ADN.

JM Huguet 2014-02-12