0.4.1 Detecció d'estats intermediaris

A partir de les CFD i utilitzant el model mesoscòpic descrit en la secció 0.3.3, es pot inferir quantes bases obertes té cadascun dels estats intermediaris que apareixen en un procés de ruptura. Això es fa mitjançant una aproximació bayesiana, en què s'analitzen les dades experimentals d'acord amb un criteri probabilístic. L'estratègia consisteix a determinar per a cada punt experimental (donat per una distància i una força) el nombre de bases obertes més probable que pot tenir la molècula, d'acord amb la resposta elàstica que s'espera del sistema (vegeu la Fig. 12).

Figura 12: Classificació d'un punt experimental (dibuix no a escala). Per a punt experimental (en blau) de la CFD de ruptura (en vermell), triem la resposta elàstica que passa més a prop del punt experimental. En aquest cas particular, el més probable és que la molècula tingui 201 bases obertes a la força i distància indicada pel punt experimental, ja que és la resposta elàstica que passa més a prop del punt. Altres respostes elàstiques (200 i 202) ja estan més allunyades del punt blau.
\includegraphics[width=\textwidth]{resumfigs/chapter1/SMtechniques.eps}

Aquest procés de classificació es repeteix per tots els punts de la CFD. D'aquesta manera es pot obtenir un histograma que indica el nombre de vegades que la molècula es troba en un estat intermediari concret al llarg de tot el procés de ruptura (vegeu la Fig. 13). L'histograma mostra una sèrie de pics que indiquen els estats intermediaris. Com més alt és el pic, més visible i estable és l'estat intermediari. Cada pic pot ajustar-se a una gaussiana o un conjunt de gaussianes que permeten establir el nombre de pb de l'estat intermediari. La distància entre els pics de les gaussianes dóna una mesura del nombre de pb que s'han obert entre un estat i l'altre, és a dir, la grandària d'una RCR. Després d'identificar totes les RCR de la molècula es pot construir un histograma de la distribució de grandàries (vegeu la Fig. 14).

Figura 13: Histograma d'estats intermediaris. (a) Classificació de punts. La traça blava mostra la CFD experimental. La traça vermella mostra el nombre de parells de bases obertes ($ n$) corresponent a cada punt experimental (l'eix de les $ y$ es llegeix al panell b). (b) Histograma dels valors de $ n^*$ mostrats al panell a. (c) Visualització detallada de l'histograma (corba taronja) sobreposada amb l'ajust a la suma de gaussianes (corba cian). (d) Detecció d'una RCR de 87 pb de grandària a partir de la distància entre els pics de dues gaussianes consecutives.
\includegraphics[width=\textwidth]{resumfigs/chapter1/SMtechniques.eps}

Figura 14: Distribució de grandàries de les RCR d'una molècula de 2.2 kpb. Les grandàries tenen un rang de 10-90 pb amb una gran quantitat de RCR que tenen entre 20 i 50 pb.
\includegraphics[width=\textwidth]{resumfigs/chapter1/SMtechniques.eps}

JM Huguet 2014-02-12