0.3.3 Modelització de l'experiment

Els experiments de ruptura mecànica de l'ADN realitzats amb pinces òptiques es poden modelitzar a partir del model de primers veïns (PV), que descriu la reacció d'hibridació de cadenes complementàries d'ADN [26,27]. Els elements elàstics del sistema (trampa òptica, manetes, cadena senzilla) es modelitzen d'acord amb la llei de Hooke i els models sobre l'elasticitat dels polímers. La figura 11 mostra un esquema representatiu d'aquest model mesoscòpic. El model permet calcular una predicció de la CFD en equilibri termodinàmic. Aquest càlcul es realitza a partir de l'expressió de l'energia total del sistema i el càlcul de la funció de partició. La derivada de la funció de partició dóna l'expressió de l'equació d'estat. El model també permet calcular el paisatge d'energia lliure, que resulta molt útil per entendre el mecanisme de ruptura de l'ADN. El paisatge d'energia lliure és una expressió que dóna l'energia total del sistema en funció de la posició de la trampa òptica i del nombre de bases obertes.

Figura 11: Model mesoscòpic. Cada element es representa amb un color diferent. Al costat de cadascun, es mostra un esbós de la seva contribució energètica
\includegraphics[width=\textwidth]{resumfigs/chapter1/SMtechniques.eps}

JM Huguet 2014-02-12